一、两者成分不同

小金丹成分：白胶香、草乌、五灵脂、地龙、木鳖、没药、归身、乳香、麝香、墨炭。

小金丸成分：人工麝香、木鳖子、制草乌、枫香脂、醋乳香、醋没药、五灵脂（醋炒）、酒当归、地龙、香墨。

二、两者功效不同

小金丹功效：辛温通络，散结活血，属于温里剂，偏重于祛除脏腑经络间寒邪。

小金丸功效：散结消肿，化瘀止痛，属于理血剂，偏重于活血化瘀。

三、两者主治病症不同

小金丹主治：瘰疠，阴疽，鼠疮等病。用于颈部结核如豆，渐渐窜生，按之坚实，皮核相连，或结喉处有多个肿块，呈半圆形，表面光滑，皮色如常，严重者可压迫气管，引起呼吸困难；肤起肿核，触之较软，小若粟豆，大若酶子，推之可移，其状若球；乳房内有一个或多个肿块，小若棋子，大若鸡卵，表面光滑，硬而不坚；骨小关节处肿起，破溃后时流稀脓，夹有豆渣样物，久则疮口凹陷，皮色紫暗，形成漏管，不易收口西医诊断之颈部淋巴结核、甲状腺腺瘤、甲状腺癌、多发性神经纤维瘤、皮肤猪囊虫、皮脂囊肿、淋巴肉瘤、脂肪瘤、青春期乳腺炎、乳房小叶增生、乳房纤维瘤、乳房结核、骨或关节结核、胸壁结核、皮肤转移癌可用本剂。

小金丸主治：痰气凝滞所致的痰气凝滞所致的瘰疬（相当于淋巴结核）、瘿瘤（甲状腺腺瘤、结节性甲状腺肿）、乳岩（乳腺癌）、乳癖（乳腺组织的良性增生性疾病）。症见肌肤或肌肤下肿块一处或数处，推之能动，或骨及骨关节肿大、皮色不变、肿硬作痛。

四、两者服用方法不同

小金丹用法：以糯米粉1两2钱为厚糊，和入诸末，捣千锤为丸，如芡实大，晒干忌烘，固藏。服用时需用温酒送服。

小金丸用法：打碎后口服，一次1.2-3g，一日2次，小儿酌减。

五、小金丹胶囊

研究发现，中药复方小金丹能有效地控制增生的结核、肿瘤的生长，使增生的结缔组织变软，使瘤体软化、缩小，最终完全吸收和消失，并能控制肿瘤发展过程的炎性反应及并发症，尤其对甲状腺、淋巴结、乳腺、脑、骨骼等处的结核、纤维瘤及恶性肿瘤最为适用。因此医家将小金丹改良制成小金丹胶囊，用来辅助治疗各种良恶性肿瘤。