冬瓜的种子即冬瓜子，又叫白瓜子，冬瓜仁，呈扁平的卵圆形或长椭圆形，表面黄白色，较粗糙。一端钝圆，一端较尖，较尖端有两个小突起，较大的突起上有一明显珠孔，较小的突起为种脐。冬瓜子也是常用中药，味甘，性寒。具有清肺化痰，消痈排脓利水的作用。临床多用于肺热咳嗽，肺痈、肠痈初起，淋病，水肿，脚气，痔疮，酒渣鼻。

冬瓜子消痈排脓，可用于治疗肺痈，肠痈。据《本草述钩元》记载冬瓜子：主腹内结聚，破溃脓血，凡肠胃内壅，最为要药。治疗肠痈，可配伍大黄、芒硝、桃仁等，如大黄牡丹汤治疗肠痈初起，湿热瘀滞证。肺热咳喘，咳脓痰，可配伍贝母，瓜蒌，黄芩，桑白皮等药使用。再加半夏、陈皮、白芥子、白术、红花、肉桂等,具有化痰散结的作用,可用于肺结节伴有咳嗽痰多、胸胁胀痛的者。冬瓜子、蒲公英泡茶，具有清热解毒、消肿散结、利尿通淋的功效。

冬瓜子可治疗痔疮，用冬瓜子或冬瓜藤煎水熏洗，对于外痔脱肛症有独到之效。冬瓜子煎水用于洗面、洗澡，可使皮肤滋润有光泽，清除酒渣鼻。冬瓜仁可美颜美容，据《本草纲目》记载：冬瓜仁150克，桃花120克，白杨树皮60克，共研细末，饭后服2克，每日三次，可使皮肤红润。雀斑：桃花、冬瓜子仁各等量。桃花阴干研末，冬瓜子仁研末，共用蜂蜜调匀。每晚以此涂擦面部，次日晨洗净。具有理气活血、润肤祛斑之功。糖尿病消渴，饮水不止：冬瓜子30克，麦冬10-15克，黄连5克。煎水服用。

冬瓜子油脂成分比较高，属于不饱和脂肪酸，有一定的抗氧化作用，对血管中的低密度脂蛋白有逆向分解的作用，可降低血液的粘度，保护心脑血管，预防脑血栓、动脉粥样硬化等心脑血管疾病。其油脂成份还能润滑消化道，促进肠蠕动，促进排便。

生冬瓜子具有清热渗透利水消肿的作用。妊娠水肿，或慢性肾炎水肿，小便不利，可单用煲水喝，亦可加玉米须、茯苓等药联合使用。